|
|
Metody detekce selekce v DNA sekvencích
Procházka, Ondřej ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tématem diplomové práce jsou metody detekce selekce v DNA sekvencích. V úvodu se popíše molekulární evoluce. Uvedeme, čím je způsobena a jak se projevuje. Dále budou popsány genové mutace a mechanismy šíření a fixace. Rozebereme si podrobně selekci a obecné matematické vztahy pro selekční tlak. Definujeme pozitivní, negativní a neutrální selekci. Práce se zaměří na výpočetní metody evolučních vzdáleností synonymních a nesynonymních substitucí. Budou popsány tři metody pro výpočet selekčního tlaku – Nei-Gojobori, Li-Wu-Luo a Comeron. Popíšeme veškeré modely matematickými vztahy. Pro statistické vyhodnocení jednotlivých selekcí budou zavedeny statistické testy – využívat se bude z-test. V praktické části budou informace o vytvořeném softwaru, který ze sekvencí z veřejných databází ve formátu GenBank vypočítá selekční tlak a zobrazí oblasti selekce na základě statistického testu. Program bude využit na dva datové sety dvou různých genových kódů. Jejich výsledky budou porovnávány. Zhodnotíme všechny tři metody výpočtu selekčního tlaku a vlivu vstupních parametrů.
|
|
|
Evoluční význam polymorfismu receptorů vrozené imunity
Bainová, Zuzana ; Vinkler, Michal (vedoucí práce) ; Zajícová, Alena (oponent)
Interakce hostitele s jeho parazity je důležitým zdrojem evolučních změn na obou stranách. Adaptační přizpůsobení na straně hostitele vzhledem k parazitům lze nalézt především v imunitním systému a obzvláště v jeho receptorovém aparátu, který se dostává do přímého kontaktu se strukturami parazitů. Mezi receptory vrozené imunity se řadí tzv. pattern recognition receptory (pattern recognition receptors, PRRs). PRRs detekují struktury parazita (tzv. pathogen-associated molecular patterns; PAMPs, například lipopolysacharidy, flagelin, peptidoglykany) či poškozené tkáně hostitele (damage-associated molecular patterns; DAMPs, například proteiny teplotního šoku, heat shock proteins). Přestože jsou tyto molekuly značně evolučně konzervativní, ukazuje se, že se jedná o poměrně polymorfní receptory a to na mezidruhové i vnitrodruhové úrovni. I minoritní alely se mohou vyskytovat v populacích v poměrně vysokých frekvencích. Byly prokázány asociace jednotlivých alel různých PRRs s rozmanitými infekčními i autoimunitními chorobami. Právě vztah daného polymorfního receptoru k různým chorobám by mohl představovat hnací sílu evoluce těchto receptorů. Zájem o studium polymorfismu PRRs v posledních letech rychle roste. Většina prací se ale omezuje pouze na studium lidských populací, nebo na laboratorní či hospodářská...
|
|
|
Diverzita a evoluční význam peří degradujících bakterií u ptáků
Kyptová, Markéta ; Javůrková, Veronika (vedoucí práce) ; Reif, Jiří (oponent)
Ač byl tento fakt doposud opomíjen, tělní pokryv ptáků obývá široké spektrum bakterií, které dokáží jako substrát využívat keratin, základní stavební jednotku pera. Pokud se tyto keratinofilní, tzv. peří degradující bakterie (dále pak PDB) vymknou kontrole, může to vést k zásadním strukturálním změnám v opeření. Ty pak způsobují nositeli nemalé ztráty od omezení termoregulace, schopnosti letu, redukovanou expresi ornamentu, až po omezení reprodukčního úspěchu a celkového fitness jedince. Vzhledem k těmto skutečnostem je velmi pravděpodobné, že PDB vytvářejí silný selekční tlak na evoluci obranných mechanismů, jako je velikost a chemické složení uropygiální žlázy, deponace pigmentů do pera, či různé způsoby pelichání, které tento negativní vliv PDB eliminují. Tato bakalářská práce na základě dostupné literatury shrnuje jednak poznatky týkající se celkové diverzity a charakteristiky bakterií vyskytujících se v peří ptáků, tak také poukazuje na jejich vliv na kvalitu opeření a fitness jedince a shrnuje celkový význam mikroorganismů v evoluci životních strategií ptáků. V neposlední řadě bakalářská práce poukazuje na nedostatky a omezení současných studií a navrhuje koncepci pro budoucí směr výzkumu, zabývající se významem PDB a celkového bakteriálního společenstva v peří ptáků. Naformátováno: Písmo: 14...
|
|
|
Botanika v Čechách na přelomu 19. a 20. století: teoretické aspekty díla Josefa Velenovského
Kaiprová, Sofie ; Čermáková, Lucie (vedoucí práce) ; Janko, Jan (oponent)
Abstakt Náplní práce je literární rešerše na téma teoretické a evoluční koncepty v botanice v českém prostředí v období přelomu 19. a 20. století se zaměřením na dílo Josefa Velenovského (1858-1949). Práce mapuje dobový kontext Velenovského díla, pojednává proměny Velenovského představ o evoluci a nejzajímavější aspekty jeho teoretických úvah týkajících se biologie. Na začátku Darwinovu teorii plně uznává, v pozdním věku zastává zcela protikladnou teorii. Klíčová slova: dějiny botaniky, Josef Velenovský, evoluční teorie, přírodní výběr, altruismus
|
|
|
Diverzita a evoluční význam peří degradujících bakterií u ptáků
Kyptová, Markéta ; Javůrková, Veronika (vedoucí práce) ; Reif, Jiří (oponent)
Ač byl tento fakt doposud opomíjen, tělní pokryv ptáků obývá široké spektrum bakterií, které dokáží jako substrát využívat keratin, základní stavební jednotku pera. Pokud se tyto keratinofilní, tzv. peří degradující bakterie (dále pak PDB) vymknou kontrole, může to vést k zásadním strukturálním změnám v opeření. Ty pak způsobují nositeli nemalé ztráty od omezení termoregulace, schopnosti letu, redukovanou expresi ornamentu, až po omezení reprodukčního úspěchu a celkového fitness jedince. Vzhledem k těmto skutečnostem je velmi pravděpodobné, že PDB vytvářejí silný selekční tlak na evoluci obranných mechanismů, jako je velikost a chemické složení uropygiální žlázy, deponace pigmentů do pera, či různé způsoby pelichání, které tento negativní vliv PDB eliminují. Tato bakalářská práce na základě dostupné literatury shrnuje jednak poznatky týkající se celkové diverzity a charakteristiky bakterií vyskytujících se v peří ptáků, tak také poukazuje na jejich vliv na kvalitu opeření a fitness jedince a shrnuje celkový význam mikroorganismů v evoluci životních strategií ptáků. V neposlední řadě bakalářská práce poukazuje na nedostatky a omezení současných studií a navrhuje koncepci pro budoucí směr výzkumu, zabývající se významem PDB a celkového bakteriálního společenstva v peří ptáků. Naformátováno: Písmo: 14...
|
|
|
Recepce Darwina v biologických vědách
Richter, Jiří ; Markoš, Anton (vedoucí práce) ; Flegr, Jaroslav (oponent)
Recepce Darwina v biologických vědách je historickým nahlédnutím do příběhu evoluční biologie, metodicky soustředěným na různorodost vnímání díla Charlese Darwina jeho následovníky. Neobvyklý vliv, který Darwinovy myšlenky měly na široké pole biologických věd, vedl k ustanovení unikátní tradice, jinde ve vědě málo vídané. Každých padesát let, počínaje datem vydání Původu druhů, se přírodovědci po celém světě srocují k oslavám Charlese Darwina - jako myslitele i jako osobnosti. V současné době existuje neuvěřitelný objem darwinovské literatury, proto tato jubilejní setkání poskytují dobré záchytné body pro zorientování se v otázkách, které v evoluční biologii vyvstávaly a vyvstávají. Takto k darwinovským oslavám přistupuje i Recepce Darwina v biologických vědách.
|
|
|
Evoluční význam polymorfismu receptorů vrozené imunity
Bainová, Zuzana ; Vinkler, Michal (vedoucí práce) ; Zajícová, Alena (oponent)
Interakce hostitele s jeho parazity je důležitým zdrojem evolučních změn na obou stranách. Adaptační přizpůsobení na straně hostitele vzhledem k parazitům lze nalézt především v imunitním systému a obzvláště v jeho receptorovém aparátu, který se dostává do přímého kontaktu se strukturami parazitů. Mezi receptory vrozené imunity se řadí tzv. pattern recognition receptory (pattern recognition receptors, PRRs). PRRs detekují struktury parazita (tzv. pathogen-associated molecular patterns; PAMPs, například lipopolysacharidy, flagelin, peptidoglykany) či poškozené tkáně hostitele (damage-associated molecular patterns; DAMPs, například proteiny teplotního šoku, heat shock proteins). Přestože jsou tyto molekuly značně evolučně konzervativní, ukazuje se, že se jedná o poměrně polymorfní receptory a to na mezidruhové i vnitrodruhové úrovni. I minoritní alely se mohou vyskytovat v populacích v poměrně vysokých frekvencích. Byly prokázány asociace jednotlivých alel různých PRRs s rozmanitými infekčními i autoimunitními chorobami. Právě vztah daného polymorfního receptoru k různým chorobám by mohl představovat hnací sílu evoluce těchto receptorů. Zájem o studium polymorfismu PRRs v posledních letech rychle roste. Většina prací se ale omezuje pouze na studium lidských populací, nebo na laboratorní či hospodářská...
|
|
|
Úloha hnízda při reprodukci rákosníka velkého
Jelínek, Václav ; Procházka, Petr (vedoucí práce) ; Krist, Miloš (oponent) ; Trnka, Alfréd (oponent)
6 Abstrakt Ptačí hnízda poskytují ochranu vejcím a mláďatům, umožňují rodičům bezpečně opustit potomstvo a zase se k němu vrátit, jejich termoregulační vlastnosti snižují energetické náklady na inkubaci vajec a zahřívání mláďat, a jsou tedy klíčovými strukturami v reprodukci drtivé většiny druhů ptáků. Díky svému významu by tedy měla podléhat přírodnímu výběru. Bylo proto navrženo několik hypotéz, které popisují selekční tlaky, jež na velikost hnízda samého nebo některých jeho částí působí. Ve své dizer- tační práci jsem testoval platnost několika z nich u rákosníka velkého (Acrocephalus arundinaceus) - otevřeně hnízdícího druhu pěvce, jehož hnízda jsou k tomu velmi vhodná, neboť vykazují značnou ve- likostní variabilitu. K tomuto účelu jsem využil jak rozsáhlého datového souboru několika set změře- ných hnízd tohoto druhu, tak i experimentů, při kterých jsem s velikostí rákosničích hnízd aktivně ma- nipuloval. Ve shodě s předchozími studiemi se nám nepodařilo prokázat, že by velikost hnízda rákosníka velkého měla vliv na pravděpodobnost jeho parazitace kukačkou obecnou (Cuculus canorus). Ta byla ovšem ovlivněna několika jinými faktory, a to načasováním hnízdění, hustotou rákosového porostu v blízkosti hnízda, a především jeho viditelností z nejbližšího potenciálního místa, ze kterého kukačky hostitelská...
|
|
|
Eugenika v českých zemích v 1. polovině 20. století
MEZEROVÁ, Kristýna
Bakalářská práce se zabývá českou eugenikou v 1. polovině 20. století. Pro pochopení české eugeniky jsem nastínila vývoj eugeniky od jejích počátků. Práce představuje základní témata české eugeniky, jako jsou degenerace lidské rasy, způsoby její regenerace, zavedení sňatkových vysvědčení nebo problematika předmanželských lékařských prohlídek. Dále představuje nejvýznamnější české eugeniky. Pojednává o rasové hygieně v Německu, jejímž základním problémem je např. sterilizace a eutanázie. V práci je porovnávána česká eugenika a jiná podobná hnutí. Jedná se o výzkumnou teoretickou práci, je zde aplikována především historická metoda, zejména analýza literárních pramenů, kterými jsou především díla českých eugeniků vydaná v 1. polovině 20. století. Dále využívá komparativní metody při srovnávání eugeniky české a jiných podobných hnutí v rámci střední Evropy. V práci jsou použity zejména česko-jazyčné, ale i anglicko-jazyčné literární prameny. Práce se pokouší zodpovědět následující výzkumné otázky: 1. Jak vzniklo české eugenické hnutí a kdo ho vedl? 2. Jaká byla hlavní témata českého eugenického hnutí? 3. Jaká byla podobnost, případně spolupráce, českého hnutí se zahraničními eugenickými sdruženími? Působila na české eugenické hnutí německá rasová hygiena? 4. Které okolnosti přispěly k zániku českého eugenického hnutí?
|
|
|
Metody detekce selekce v DNA sekvencích
Procházka, Ondřej ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tématem diplomové práce jsou metody detekce selekce v DNA sekvencích. V úvodu se popíše molekulární evoluce. Uvedeme, čím je způsobena a jak se projevuje. Dále budou popsány genové mutace a mechanismy šíření a fixace. Rozebereme si podrobně selekci a obecné matematické vztahy pro selekční tlak. Definujeme pozitivní, negativní a neutrální selekci. Práce se zaměří na výpočetní metody evolučních vzdáleností synonymních a nesynonymních substitucí. Budou popsány tři metody pro výpočet selekčního tlaku – Nei-Gojobori, Li-Wu-Luo a Comeron. Popíšeme veškeré modely matematickými vztahy. Pro statistické vyhodnocení jednotlivých selekcí budou zavedeny statistické testy – využívat se bude z-test. V praktické části budou informace o vytvořeném softwaru, který ze sekvencí z veřejných databází ve formátu GenBank vypočítá selekční tlak a zobrazí oblasti selekce na základě statistického testu. Program bude využit na dva datové sety dvou různých genových kódů. Jejich výsledky budou porovnávány. Zhodnotíme všechny tři metody výpočtu selekčního tlaku a vlivu vstupních parametrů.
|
host ::
RSS.